یکی از گمرک های مهم کشور که امروزه به اندازه یک قرن در زمینه ترخیص کالا قدمت و سابقه دارد گمرک خرمشهر می باشد. گمرک شهر خرمشهر از سال ۱۳۰۰ شمسی در استان خوزستان و در نزدیکی دو شهر آبادان و مینو شهر تاسیس شد و با حدود ۲۰ اسکله جهت ترخیص کالا، وارادات و صادرات کالا و پذیرش کشتی های باربری در اسکله های خود به یکی از مهم ترین گمرک های کشور تبدیل شد. فعالیت گمرک خرمشهر در زمان جنگ جهانی دوم رونق گرفت و تا قبل از زمان جنگ هشت ساله ایران و عراق حدود ۹۰ درصد از کالاهای وارداتی به کشور از این گمکر ترخیص می شد، همچنین بر اساس برآورد های انجام شده در سال ۱۳۵۶ از گمرک خرمشهر ۴ میلیون تن کالا وارد کشور شده است. گمرک خرمشهر به طور دقیق در استان خوزستان، خرمشهر، میدان شهید مولوی قرار دارد.