گمرک فرودگاه امام خمینی یکی از مهم ترین و فعال ترین گمرک ها در سطح کشور می باشد که به دلیل مساحت بسیار بالای این گمرک آن را به چند حوزه مختلف تقسیم بندی کرده و هر حوزه ی این گمرک مخصوص به انجام کار خاصی در زمینه ترخیص کالا می باشد. گمرک فرودگاه امام خمینی به شش حوزه تقسیم شده است. حوزه اول و دوم گمرک فرودگاه امام خمینی به امور تجاری اختصاص داده شده است، حوزه سوم این گمرک به انجام امور مربوط به امانات پستی اختصاص دارد، حوزه چهارم این گمرک به انجام امور مربوط به مسافران اختصاص داده شده است و حوزه پنجم و ششم این گمرک نیز به انجام امور تخصصی نفت اختصاص داده شده است. به دلیل این تقسیم بندی ها گمرک فرودگاه امام خمینی به یکی از تخصصی ترین گمرک های کشور تبدیل شده است.