گمرک های فعال و مهمی در سرتاسر کشور تاسیس شده اند که گمرک بندر بوشهر به دلیل مزیت های گوناگونی که دارد یکی از آن ها به شمار می آید. اما به طور کل همیشه در کنار مزیت ها، معایبی نیز وجود دارد که این مسئله در رابطه با گمرک بندر بوشهر نیز صدق می کند. از جمله معایبی که در رابطه با گمرک بندر بوشهر می توان به آن اشاره کرد ترافیک سنگین کالاها در این بندر است. از آن جایی که در گمرک بندر بوشهر سرعت ترخیص کالا و همچنین وجود تخفیفات ویژه در خصوص ترخیص کالا باعث جذب تاجران زیادی به سمت این گمرک شده است امروزه با وجود این که کارمندان این گمرک به صورت ۲۴ ساعته در حال فعالیت هستند اما باز هم در روند ترخیص کالا از این گمرک شاهد ترافیک ترخیص کالا خواهیم بود.