هر کدام از گمرک های موجود در سرتاسر کشور بر اساس موقعیت جغرافیایی و دیگر امکاناتی که در اختیار دارند دارای یک سری مزیت ها و همچنین معایب می باشند. از جمله مزیت هایی که در خصوص گمرک خرمشهر می توان به آن اشاره کرد مواردی چون ارائه یک سری تسهیلات ویژه به تولید کنندگان منطقه در خصوص حمل و نقل کالاهای تولیدی آن ها، وجود شرایط ترانزیت دریایی و زمینی به کشور عراق، انتقال دادن ارز بدون هیچ گونه محدودیت های قانونی از طرف گمرک خرمشهر، وجود ۲۵ درصد تخفیف در راستای پرداخت سود بازرگانی، ارائه معافیت های مالیاتی ۱۵ ساله به افرادی که ۳۰ سال سابقه انجام امور بازرگانی دارند، موقعیت جغرافیایی بسیار عالی از جهت قرار گرفتن در نزدیکی کشور هایی چون کویت، عراق، دبی و دیگر کشورهای آسیایی، داشتن مسیر ترانزیتی مقرون به صرفه، وجود یکی از بزرکترین پایانه مسافرتی – تجاری خاورمیانه و … اشاره کرد.