هزینه ترخیص کالا در سرتاسر گمرک های سطح کشور یکسان بوده و بر اساس قوانینی که دولت در جهات تجارت بین المللی ایجاد کرده است محاسبه می شود. روند محاسبه هزینه ترخیص کالا در گمرک خرمشهر نیز بر اساس همین اصل بر اسا هزینه های گوناگونی که تاجران باید در روند ترخیص کالا به گمرک بپردازند محاسبه می شود. هزینه هایی که تاجران در روند ترخیص کالا متحمل به پرداخت آن هستند شامل مواردی چون هزینه تخلیه و بارگیری کالاها از کشتی در اسکله های گمرک خرمشهر، هزینه انبار و انبار داری کالاها، هزینه حمل و نقل و جابه جایی کالاها، هزینه مربوط به انجام بازرسی ها و کارشناسی های گوناگون و خدماتی که جهت بازرسی کالا انجام می شود، هزینه مالیات، حقوق ورودی گمرک و … می باشد. در روند محاسبه هزینه های ترخیص کالا باید به این نکته توجه شود که برخی از گمرک ها دارای تخفیف های ویژه ای هستند.