یکی از مسائل مهمی که تاجران در روند تجارت بین المللی و واردات کالا باید به طور جدی به آن توجه کرده و آن را در نظر بگیرند مربوط به هزینه های ترخیص کالا از گمرک می باشد. نحوه محاسبه هزینه ترخیص کالا از گمرک بندر بوشهر مانند دیگر گمرک های سراسر کشور بر اساس قوانین وضع شده از طرف دولت محاسبه می گردد. هزینه ای که تاجران در گمرک بندر بوشهر جهت ترخیص کالا باید بپردازند شامل هزینه هایی چون هزینه مربوط به بارگیری و تخلیه کالاهای وارداتی و صادراتی، هزینه مربوط به انبار داری، هزینه بررسی و کارشناسی های انجام شده بر روی کالاها، هزینه حمل و نقل و جابه جایی کالاها، هزینه انجام آزمایش های گوناگون جهت تایید استاندارد بودن محموله، سود بازرگانی، مالیات، حقوق ورودی گمرک و …. می شود.